PIPE tiene dos formas de eliminar datos en las tablas de la base de datos.

Forma #1 de eliminación de datos.

<?php

$usuario = Usuario::encontrar(1); // El método encontrar() recibe como parámetro el id de la llave primaria.
$usuario->eliminar(); // Este método devuelve el número de registros eliminados.

// Por medio de constructor de consultas PIPE.
// Si nuestra llave primaria no sigue la convención del ORM PIPE podemos especificarla de la siguiente manera.
$usuario = PIPE::tabla('usuarios')->encontrar(1, 'codigo');
$usuario->eliminar();

Forma #2 de eliminación de datos.

<?php

$resultado = Usuario::donde('id = ? o id = ?', [1, 2])->eliminar();

// Si deseamos realizar una eliminación masiva lo hacemos de la siguiente manera.
$resultado = Usuario::eliminar();

// Por medio de constructor de consultas PIPE.
$resultado = PIPE::tabla('usuarios')->donde('id = ? o id = ?', [1, 2])->eliminar();
$resultado = PIPE::tabla('usuarios')->eliminar();

Eliminación de datos por medio del método destruir() proporcionado por el modelo, el cual realiza la eliminación y nos retorna un objeto con los datos destruidos.

<?php

// El método destruir() recibe como parámetro el id de la llave primaria.
$usuario = Usuario::destruir(1);

El método destruir() permite enviar varias llaves primarias simultáneamente, el cual devuelve un arreglo de objetos con los datos destruidos.

<?php

$usuarios = Usuario::destruir([1, 2, 3]);

Eliminación de datos por medio del método consulta().

<?php

// Este método devuelve el número de registros eliminados.
$resultado = PIPE::consulta("eliminar de usuarios donde id = 1");

Eliminación de datos por medio del método consultaNativa().

<?php

// Este método devuelve el número de registros eliminados.
$resultado = PIPE::consultaNativa("delete from usuarios where id = 1");

Si utilizas el Modelo para interactuar con los datos de la base de datos, tendrás la ventaja de poder omitir las convenciones que tiene el ORM PIPE y adaptarse a la estructura que tenga tu tabla en la base de datos, ya que el Constructor de Consultas se adapta por defecto a las convenciones.